Réponse de la Cour
7. Il résulte des articles L. 145-9 et L. 145-60 du code de commerce qu'en cas de délivrance par le bailleur d'un congé avec refus de renouvellement et offre d'indemnité d'éviction, le point de départ de la prescription biennale de l'action du locataire en paiement de cette indemnité court à compter de la date d'effet du congé.
8. Cette prescription est susceptible d'être interrompue ou suspendue, en application de l'article 2240 du code civil, en vertu duquel le délai de prescription peut être interrompu par la reconnaissance par le bailleur du droit à indemnité d'éviction de son locataire, de l'article 2241 du même code selon lequel la demande en justice, même en référé, interrompt le délai de prescription, et de l'article 2239 du même code, selon lequel la prescription est suspendue lorsque le juge fait droit à une demande de mesure d'instruction présentée avant tout procès, le délai de prescription recommençant à courir, pour une durée qui ne peut être inférieure à six mois, à compter du jour où la mesure a été exécutée.
9. Il est jugé que la suspension de la prescription, prévue à l'article 2239 du code civil, lorsque le juge accueille une demande de mesure d'instruction présentée avant tout procès, qui fait, le cas échéant, suite à l'interruption de cette prescription au profit de la partie ayant sollicité cette mesure en référé et tend à préserver les droits de la partie ayant sollicité celle-ci durant le délai de son exécution, ne joue qu'à son profit (2e Civ., 31 janvier 2019, pourvoi n° 18-10.011, publié ; 3e Civ.,19 mars 2020, pourvoi n° 19-13.459, publié).
10. Il s'en déduit que le locataire à bail commercial, défendeur à l'instance de référé introduite par le bailleur sur le fondement de l'article 145 du code de procédure civile tendant au prononcé d'une expertise judiciaire pour déterminer le montant de l'indemnité d'éviction, ne bénéficie de l'effet suspensif de la prescription attaché à la mesure d'instruction que s'il s'associe expressément à la demande ou présente, même à titre subsidiaire, une demande tendant à compléter ou modifier la mission de l'expert, pour conserver ou établir avant tout procès la preuve de faits dont pourrait dépendre son action au fond.
11. En premier lieu, ayant constaté que l'assignation en référé aux fins d'obtenir la désignation d'un expert judiciaire avait été délivrée par la bailleresse et que, devant le juge des référés, la locataire ne s'était pas jointe à la demande d'expertise aux fins de déterminer le montant de l'indemnité d'éviction mais avait simplement émis protestations et réserves, la cour d'appel en a exactement déduit que la mesure d'expertise n'avait pas eu d'effet suspensif à son égard.
12. En second lieu, ayant relevé que, dans son assignation en référé sollicitant une expertise aux fins d'évaluer le montant de l'indemnité d'occupation et celui de l'indemnité d'éviction, la bailleresse distinguait la première, qu'elle affirmait comme étant due, de la seconde pour laquelle elle utilisait des motifs dubitatifs, et ayant souverainement retenu que le dire adressé à l'expert judiciaire le 9 septembre 2019 par la bailleresse ne comportait aucune reconnaissance dénuée d'équivoque de son obligation à payer l'indemnité d'éviction, la cour d'appel a pu en déduire qu'il n'y avait pas eu de reconnaissance par la bailleresse du droit à indemnité d'éviction de la locataire ayant interrompu la prescription à l'égard de cette dernière.
13. Elle a ainsi légalement justifié sa décision de déclarer prescrite l'action de la locataire en paiement d'une indemnité d'éviction introduite plus de deux ans après la date d'effet du congé.