Conseil d'État, 6ème et 5ème chambres réunies, 21 novembre 2025, n° 495622

Vu la procédure suivante : L’association « Bien Vivre à Replonges » a demandé au tribunal administratif de Lyon d’annuler l’arrêté des préfets de l’Ain et de Saône-et-Loire du 28 juin 2021 portant autorisation environnementale au titre des articles L. 181-1 et suivants du code de l’environnement de la reconstruction du pont de Fleurville sur le territoire des communes de Pont-de-Vaux (Ain) et de Montbellet (Saône-et-Loire), tenant lieu d’autorisation au titre de l’article L. 214-3 du même code et de dérogation aux interdictions d’atteintes aux espèces protégées et à leurs habitats au titre du 4° du I de l’article L. 411-2 de ce code. Par un jugement n° 2107709 du 10 mars 2022, le tribunal administratif de Lyon faisant droit à la demande de l’association « Bien vivre à Replonges », a annulé cet arrêté. Par un arrêt n° 22LY01414 du 30 avril 2024, la cour administrative d'appel de Lyon a rejeté l’appel formé par le département de l’Ain contre ce jugement. Par un pourvoi sommaire et un mémoire complémentaire, enregistrés les 1er juillet et 23 septembre 2024 au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat, les départements de l’Ain et de Saône-et-Loire demandent au Conseil d'Etat : 1°) d’annuler cet arrêt ; 2°) réglant l’affaire au fond, de faire droit à l’appel du département de l’Ain ; 3°) de mettre à la charge de l’association « Bien Vivre à Replonges » la somme de 4 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Vu les autres pièces du dossier ; Vu : - la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 ; - le code de l’environnement ; - le code de justice administrative ; Après avoir entendu en séance publique : - le rapport de M. Léo André, auditeur, - les conclusions de Mme Maïlys Lange, rapporteure publique ; La parole ayant été donnée, après les conclusions, à la SARL Gury et Maître, avocat du département de l’Ain et autre, et à la SCP Bouzidi, Bouhanna, avocat de l’association « Bien vivre à Replonges » ; Considérant ce qui suit : 1. Il ressort des énonciations de l’arrêt attaqué que le département de l’Ain a déposé, le 12 juin 2019, auprès des préfets de l’Ain et de Saône-et-Loire une demande d’autorisation environnementale pour la construction, en amont de l’actuel pont de Fleurville franchissant la Saône, d’un nouvel ouvrage d’une longueur de 272 mètres. L’enquête publique s’est déroulée du 6 juillet au 19 août 2020. Dans son rapport du 18 septembre 2020, le commissaire enquêteur s’est déclaré défavorable au projet de construction d’un nouvel ouvrage en amont de celui existant. Le département de l’Ain, désigné maître d’ouvrage du projet, a organisé une réunion de concertation avec les élus et partenaires locaux le 21 janvier 2021 et une réunion publique s’est tenue à Pont-de-Vaux le 27 janvier 2021. Par une délibération du 1er février 2021, le département de l’Ain, en application de l’article L. 123-16 du code de l'environnement, a réitéré la demande d’autorisation environnementale relative à ce projet. Par un arrêté du 28 juin 2021, les préfets de l’Ain et de Saône-et-Loire ont accordé au département de l’Ain l’autorisation environnementale demandée au titre des articles L. 181-1 et suivants du code de l’environnement tenant lieu d’autorisation au titre de l’article L. 214-3 du code de l’environnement et de dérogation aux interdictions d’atteintes aux espèces protégées et à leurs espaces au titre du 4° du I de l’article L. 411-2 de ce même code. 2. Par un arrêt du 30 avril 2024, contre lequel les départements de l’Ain et de Saône-et-Loire se pourvoient en cassation, la cour administrative d’appel de Lyon a rejeté l’appel formé par le département de l’Ain contre le jugement par lequel le tribunal administratif de Lyon a annulé, sur la demande de l’association « Bien vivre à Replonges », l’arrêté du 28 juin 2021. Sur la recevabilité du pourvoi en tant qu’il émane du département de Saône-et-Loire : 3. Le département de Saône-et-Loire n’ayant pas été partie à l’instance devant la cour administrative d’appel de Lyon, il n’a pas qualité pour se pourvoir en cassation contre l’arrêt attaqué. Par suite, le pourvoi n’est pas recevable en tant qu’il émane du département de Saône-et-Loire. Sur le pourvoi du département de l’Ain : 4. Aux termes de l’article 2 de la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, dite directive « Habitats » : « 1. La présente directive a pour objet de contribuer à assurer la biodiversité par la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages sur le territoire européen des États membres où le traité s'applique. / 2. Les mesures prises en vertu de la présente directive visent à assurer le maintien ou le rétablissement, dans un état de conservation favorable, des habitats naturels et des espèces de faune et de flore sauvages d'intérêt communautaire. / 3. Les mesures prises en vertu de la présente directive tiennent compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales et locales. » Aux termes de l’article 12 de cette directive : « 1. Les Etats membres prennent les mesures nécessaires pour instaurer un système de protection stricte des espèces animales figurant à l'annexe IV point a), dans leur aire de répartition naturelle, interdisant : / a) toute forme de capture ou de mise à mort intentionnelle de spécimens de ces espèces dans la nature ; / b) la perturbation intentionnelle de ces espèces notamment durant la période de reproduction, de dépendance, d'hibernation et de migration ; / c) la destruction ou le ramassage intentionnels des œufs dans la nature ; / d) la détérioration ou la destruction des sites de reproduction ou des aires de repos ». Aux termes de l’article 16 de la même directive : « 1. A condition qu'il n'existe pas une autre solution satisfaisante et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle, les Etats membres peuvent déroger aux dispositions des articles 12, 13, 14 et de l'article 15 points a) et b) : / a) dans l'intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ; / b) pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l'élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d'autres formes de propriété ; / c) dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques, ou pour d'autres raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement ; / d) à des fins de recherche et d'éducation, de repeuplement et de réintroduction de ces espèces et pour des opérations de reproduction nécessaires à ces fins, y compris la propagation artificielle des plantes; / e) pour permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d'une manière sélective et dans une mesure limitée, la prise ou la détention d'un nombre limité et spécifié par les autorités nationales compétentes de certains spécimens des espèces figurant à l'annexe IV (…) ». 5. L’article L.