Conseil d'État, 6ème chambre jugeant seule, 20 juillet 2026, n° 509359

Vu la procédure suivante : Par une requête et un mémoire en réplique, enregistrés les 30 octobre 2025 et 19 mai 2026 au secrétariat du contentieux du Conseil d’Etat, le syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée demande au Conseil d’Etat d’annuler pour excès de pouvoir l’arrêté de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et de la ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire du 3 septembre 2025 fixant les plafonds départementaux dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction du grand cormoran (Phalacrocorax carbo sinensis) peuvent être accordées pour la protection des piscicultures par les préfets pour la période 2025-2028. Il soutient que l’arrêté qu’il attaque : - est entaché d’incompétence négative au motif qu’il omet de prévoir la protection des cours d’eau non domaniaux au sens de l’article L. 215-7-1 du code de l’environnement ; - est illégal au motif qu’il fixe des plafonds de destruction des grands cormorans au titre de la protection des piscicultures globalement stables depuis une dizaine d’années alors que les populations de l’espèce sont en augmentation ; - est illégal au motif que l’avis du conseil national de la protection de la nature du 16 octobre 2024 serait partial ; - a été adopté en méconnaissance de l’autorité de la chose jugée ; - est illégal, par la voie de l’exception, au motif qu’il a été pris sur le fondement de l’arrêté interministériel du 24 février 2025, qui interdit de manière générale et absolue la destruction des deux sous-espèces du grand cormoran dans huit départements ; - méconnaît le principe de non régression de la protection de l’environnement ; - est illégal en ce qu’il ne permet pas la mise en œuvre d’une régulation compatible avec le maintien de l’activité piscicole. Par un mémoire en défense, enregistré le 7 mai 2026, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, et des négociations internationales sur le climat et la nature conclut au rejet de la requête. Elle soutient que les moyens soulevés ne sont pas fondés. Par un mémoire en défense, enregistré le 19 mai 2026, la ministre de l’agriculture, de l’agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire déclare s’associer aux conclusions de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, et des négociations internationales sur le climat et la nature. Vu les autres pièces du dossier ; Vu : - la directive n° 2009/147/CE du Parlement européen et du Conseil du 30 novembre 2009 ; - le code de l’environnement ; - l’arrêté du ministre de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat, et du ministre de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêche du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; - l’arrêté de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et de la ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire du 24 février 2025 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de perturbation intentionnelle et de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans ; - le code de justice administrative ; Après avoir entendu en séance publique : - le rapport de Mme Gabrielle Hazan, maîtresse des requêtes en service extraordinaire, - les conclusions de Mme Amélie Fort-Besnard, rapporteure publique ; Vu la note en délibéré, enregistrée le 17 juin 2026, présentée par le syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée ; Considérant ce qui suit : 1. Le syndicat de valorisation et de promotion des étangs et des milieux aquatiques en Poitou-Charentes Vendée demande au Conseil d’Etat d’annuler pour excès de pouvoir l’arrêté de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et de la ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire du 3 septembre 2025 fixant les plafonds départementaux dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction du grand cormoran (Phalacrocorax carbo sinensis) peuvent être accordées pour la protection des piscicultures par les préfets pour la période 2025-2028. Sur le cadre juridique : 2. Aux termes du I de l’article L. 411-1 du code de l’environnement : « Lorsqu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation (…) d’espèces animales non domestiques (…) et de leurs habitats, sont interdits : / 1° (…) la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle (…) d’animaux de ces espèces ; / (…) 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces (…) ». Aux termes du I de l’article L. 411-2 du même code : « Un décret en Conseil d’Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : / (…) 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1° (…) et 3° de l’article L. 411-1, à condition qu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante (…) et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : / a) Dans l’intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ; / b) Pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété (…) ». Aux termes de l’article R. 411‑1 du même code : « Les listes des espèces animales non domestiques et des espèces végétales non cultivées faisant l’objet des interdictions définies par l’article L. 411-1 sont établies par arrêté conjoint du ministre chargé de la protection de la nature et soit du ministre chargé de l’agriculture, soit, lorsqu’il s’agit d'espèces marines, du ministre chargé des pêches maritimes ». Aux termes de l’article R. 411-6 du même code : « Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 sont accordées par le préfet (…) ». Aux termes de l’article R. 411-13 du même code : « Les ministres chargés de la protection de la nature, de l’agriculture (…) fixent par arrêté conjoint pris après avis du Conseil national de la protection de la nature : / (…) 2° Si nécessaire, pour certaines espèces dont l’aire de répartition excède le territoire d’un département, les conditions et limites dans lesquelles les dérogations sont accordées afin de garantir le respect des dispositions du 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ». 3. En application des dispositions citées au point 2, par un arrêté du 29 octobre 2009, le ministre de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat, et le ministre de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêche ont fixé la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire, parmi lesquels figure le grand cormoran, ainsi que les modalités de leur protection. 4. Par un arrêté cadre du 24 février 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et la ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire ont fixé les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans afin de prévenir les dommages importants que ces oiseaux causent aux piscicultures ainsi que les risques que présente la prédation du grand cormoran pour les espèces de poissons protégées.