Par ces motifs,
La cour,
Infirme le jugement du conseil de prud'hommes, sauf en ce qu'il a :
- débouté M. [Y] de ses demandes d'intéressement, de paiement des dimanches et jours fériés, d'heures de nuit, de RTT et de congés payés, de notes de frais, de prime qualité pour les mois de mai et juin 2018, de sommes dues au titre d'arrêt maladie, de sommes dues au titre de la carence sur arrêt maladie prévue à la convention collective nationale des transports, de sommes dues au titre du taux de congés payés variant salon les mois, de sommes dues au titre des tickets restaurants dus et non perçus, de sommes dues au titre d'une erreur sur le solde de tout compte, de sa demande d'indemnité pour licenciement nul,
- débouté la société [2] de sa demande de restitution de prime variable et de sa demande de dommages-intérêts pour détournement du temps de travail,
- condamné la société [2] à payer à M. [Y] la somme de 9 422,06 euros bruts à titre de complément de rémunération variable et celle de 942,20 euros bruts au titre des congés payés afférents ;
- condamné la société [2] aux dépens,
- débouté les parties de leurs demandes formées au titre des frais irrépétibles,
Statuant à nouveau sur les chefs infirmés et y ajoutant,
Dit que la clause de forfait annuel en jours de la durée du travail de M. [Y] est privée d'effet,
Juge que la prise d'acte de M. [Y] produit les effets d'un licenciement sans cause réelle et sérieuse,
Condamne la société [2] à payer à M. [Y] les sommes suivantes :
- 32 000 euros au titre du rappel d'heures supplémentaires et celle de 3 200 euros au titre des congés payés afférents,
- 15 750 euros au titre de l'indemnité compensatrice de préavis et celle de 1 575 euros au titre des congés payés afférents,
- 3 281,25 euros au titre de l'indemnité de licenciement,
- 15 750 euros au titre de l'indemnité ,pour licenciement sans cause réelle et sérieuse,
Ordonne à la société [2] de rembourser à France travail les indemnités de chômage versées à M. [Y] , du jour de sa prise d'acte au jour du prononcé du jugement dans la limite d'un mois des indemnités versées,
Condamne M. [Y] à payer à la société [2] les sommes suivantes :
- 5 289,77 euros au titre du remboursement des jours de RTT,
- 16 399,57 euros au titre du remboursement des jours rachetés,
- 7 188,62 euros au titre de la contrepartie de la clause de non-concurrence,
- 15 000 euros à titre de dommages-intérêts pour manquement à la clause de non-concurrence,
Déboute la société [2] de sa demande au titre du préavis non effectué par M. [Y],
Ordonne à la société [2] la remise à M. [Y] d'un certificat de travail et d'une attestation destinée à France travail conformes à la présente décision et dit n'y avoir lieu au prononcé d'une astreinte,
Dit que les créances salariales sont assorties d'intérêts au taux légal à compter de la réception par l'employeur de la convocation à comparaître devant le conseil de prud'hommes et les dommages-intérêts alloués à compter de la présente décision,
Laisse à chaque partie la charge des dépens exposés en appel,
Déboute les parties de leurs demandes au titre des frais irrépétibles.
La Greffière Le Président