MOTIFS DE LA DECISION :
1/ Sur la reconnaissance du caractère professionnel de l'inaptitude
Pour qu'une inaptitude soit reconnue d'origine professionnelle, deux conditions cumulatives doivent être réunies :
- l'inaptitude doit avoir au moins partiellement pour origine un accident du travail ou une maladie professionnelle
- l'employeur doit avoir connaissance de cette origine professionnelle au moment du licenciement.
Le salarié fait valoir que l'employeur ne conteste pas le caractère professionnel de la maladie qu'il a déclenchée dans le cadre de son emploi et qui a été reconnu par la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM), le 18 juin 2020.
Il ajoute, qu'antérieurement à son licenciement, l'employeur avait également connaissance de l'origine professionnelle de son inaptitude puisque :
- dans le cadre de la deuxième visite de reprise organisée le 18 novembre 2019, le médecin du travail indiquait explicitement que le salarié ne pouvait plus avoir de contact avec les farines (ni physique, ni respiratoire)
- le 21 février 2020, M. [L] a notifié clairement à son employeur par courrier recommandé qu'il s'étonnait de n'avoir toujours aucun retour de sa part sur son licenciement au motif de sa « maladie professionnelle » après l'entretien du 11 février 2020 (pièce 10). Dans ce courrier, il le mettait d'ailleurs en demeure de régulariser la situation dans les 10 jours sous peine d'être attrait en justice.
Dès lors, l'intimé considère que l'employeur est mal fondé à refuser de reconnaître le caractère professionnel de son inaptitude, en lui opposant, d'une part, qu'il a été placé en arrêt de travail pour maladie simple, d'autre part, que la société appelante n'avait pas connaissance de sa demande de reconnaissance d'une maladie professionnelle en date du 25 septembre 2019 et enfin que cette dernière aurait fait l'objet d'un premier refus par le Comité Régional de Reconnaissance des Maladies Professionnelles.
Le salarié expose qu'il n'a pas être pénalisé en raison du délai de traitement de sa déclaration de maladie professionnelle par la CPAM et par les difficultés qui ont pu se poser dans le cadre de l'instruction de ce dossier.
L'employeur objecte que le salarié a été placé en arrêt de travail pour maladie non professionnelle à compter du 10 mars 2019. Le 25 septembre 2019, le salarié a formé une demande de reconnaissance de maladie professionnelle mais cette déclaration a fait l'objet d'un refus par le Comité Régional de Reconnaissance des Maladies Professionnelles CRRML. La société appelante déduit cet élément du courrier du 18 juin 2020 de la CPAM de l'Yonne informant le salarié de la reconnaissance de sa pathologie au titre des maladies professionnelle et qui mentionne : « Cette décision annule et remplace le précédent courrier dans lequel nous vous faisions part d'un refus » (pièce 16).
L'employeur expose que, par la suite, M. [L] a contesté cette décision de refus puisque la CRRMP lui a indiqué, le 12 mars 2020, soit postérieurement à l'engagement de la procédure de licenciement que des éléments complémentaires étaient nécessaires pour instruire sa demande. Toutefois, ce n'est que le 18 juin 2020, soit plusieurs mois après la notification au salarié de son licenciement que sa maladie professionnelle a été reconnue.
La société appelante considère, en conséquence, qu'à la date d'engagement de la procédure de licenciement le caractère professionnel de la maladie du salarié avait été écarté et qu'elle n'avait donc pas à l'indemniser au titre d'une inaptitude professionnelle.
Elle ajoute que le fait que l'avis d'inaptitude du 18 novembre 2020 mentionne que M. [L] ne devait plus avoir de contact physique et respiratoire avec les farines n'établit pas ipso facto que le caractère professionnel de sa maladie était établi. La société intimée demande donc l'infirmation du jugement en ce qu'il a retenu une connaissance par l'employeur du caractère professionnel de la maladie du salarié préalablement à son licenciement et en ce qu'il l'a indemnisé à ce titre.
La cour observe que le caractère professionnel de la maladie du salarié ne fait pas l'objet de contestation de la part de l'employeur.
Par ailleurs, il n'est pas discutable que l'inaptitude du salarié a, au moins partiellement, pour origine cette maladie professionnelle puisque le médecin a constaté dans son avis d'inaptitude, qui est intervenu dans le prolongement des arrêts de travail continus de l'intimé, que celui-ci ne pouvait plus avoir de contact avec les farines en raison d'un phénomène allergique. Le seul point pouvant donner lieu à discussion est la connaissance par l'employeur de l'origine professionnelle de l'inaptitude au moment de l'engagement de la procédure de licenciement.
A cet égard, la cour constate que la société appelante ne dément pas avoir eu connaissance de la demande de reconnaissance de maladie professionnelle formée par M. [L] avant son licenciement. D'ailleurs, c'est la société appelante qui produit la demande de reconnaissance de maladie professionnelle du salarié en date du 25 septembre 2019 en pièce 19.
En outre, le salarié évoque, également, sa maladie professionnelle et ses éventuelles conséquences, dans un courrier adressé à l'employeur, le 21 février 2020.
Toutefois, la société appelante se prévaut du refus de reconnaissance qui aurait été signifié au salarié par le Comité Régional de Reconnaissance des Maladies Professionnelles (CRRMP).
A cet égard, la cour relève que l'éventuel refus du [2] n'efface pas la connaissance préalable par l'employeur de la démarche initiée par le salarié, mais surtout, la société intimée ne justifie en aucune manière qu'elle aurait été informée de cette décision de refus préalablement à l'engagement de la procédure de licenciement.
En effet, le salarié lui-même soutient ne pas avoir eu de notification d'un quelconque refus et aucune décision de cet ordre n'est produite par les parties.
Pour supputer l'existence d'une telle décision, l'employeur se fonde uniquement sur le courrier de reconnaissance de la pathologie de M. [L] au titre des maladies professionnelle, daté du 18 juin 2020, donc postérieur au licenciement, qui évoque une précédente décision de refus mais sans en préciser la date.
Il en résulte qu'à la date du licenciement, l'inaptitude du salarié avait bien au moins partiellement une origine professionnelle et que l'employeur avait connaissance de la demande de reconnaissance de maladie professionnelle formée par l'intimé.
Le jugement déféré sera donc confirmé en ce qu'il a fait droit aux demandes d'indemnité compensatrice et d'indemnité spéciale de licenciement de M. [L].
2/ Sur le licenciement
Le salarié prétend qu'il n'a jamais reçu de courrier de l'employeur lui proposant des solutions de reclassement. Ce n'est que lorsqu'il l'a interrogée sur les suites qui seraient réservées à l'avis d'inaptitude que la société appelante lui a écrit le, 15 janvier 2020, qu'elle lui avait adressé trois propositions de reclassement dans un courrier du 20 décembre 2019.
M. [L] relève que ces trois propositions de reclassement ne forment, en réalité, qu'une seule offre pour un emploi de caissier au sein d'un des magasins de la société [3], sous l'enseigne « Mangeons frais ». En outre, il ne lui était proposé qu'un contrat de travail à durée déterminée d'un mois et à temps partiel à raison de 26 heures hebdomadaires, qu'il n'aurait pas accepté compte tenu de la baisse de rémunération que cela représentait.
L'intimé rappelle que la société [1] fait partie du groupe [C] qui regroupe deux pôles d'activité :
- les fruits et légumes sous l'enseigne « Mangeons frais »
- la boulangerie pâtisserie industrielle avec les enseignes Boulangeries [4] et [1].
La société [1] dispose, quant à elle, de 206 établissements.